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Bioinformatica e biostatistica - programma
Bioinformatics and biostatistics - programma

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GIULIO PAVESI , responsabile dell'insegnamento

Corso di laurea in BIOTECNOLOGIA (Classe L-2) immatricolati dall'A.A. 2014/15 - Laurea - BIOLOGICO-INDUSTRIALE - 2018/2019

Insegnamento obbligatorio
Anno di corso3
Periodo di svolgimentoprimo semestre
Settori scientifico disciplinari
  • FIS/01 - Fisica sperimentale
  • FIS/02 - Fisica teorica, modelli e metodi matematici
  • FIS/03 - Fisica della materia
  • FIS/04 - Fisica nucleare e subnucleare
  • FIS/05 - Astronomia e astrofisica
  • FIS/06 - Fisica per il sistema terra e per il mezzo circumterrestre
  • FIS/07 - Fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina)
  • FIS/08 - Didattica e storia della fisica
  • INF/01 - Informatica
  • MAT/01 - Logica matematica
  • MAT/02 - Algebra
  • MAT/03 - Geometria
  • MAT/04 - Matematiche complementari
  • MAT/05 - Analisi matematica
  • MAT/06 - Probabilita e statistica matematica
  • MAT/07 - Fisica matematica
  • MAT/08 - Analisi numerica
  • MAT/09 - Ricerca operativa
  • SECS-S/01 - Statistica
  • SECS-S/02 - Statistica per la ricerca sperimentale e tecnologica
Crediti (CFU) obbligatori9
Crediti (CFU) facoltativi-

Informazioni generali

Obiettivi: Introdurre i concetti teorici e pratici di base delle analisi bioinformatiche e statistiche utilizzate nella ricerca biomolecolare moderna.

Lingua dell'insegnamento: Italiano

Metodi didattici: Il corso sarà tenuto completamente in un’aula calcolo, in ogni studente avrà a disposizione un PC. Le spiegazioni teoriche saranno alternate a esercitazioni pratiche.

Programma di studio

Programma: Bioinformatica (6 CFU):
Introduzione alla bioinformatica. Sequenziamento genomico e “next generation sequencing”. Annotazione di geni e genomi. La struttura genica: introni, esoni, promotori, splicing alternativi. La struttura degli mRNA maturi eucariotici. Database biologici primari e specializzati. Browser genomici. Definizioni di similarità di sequenza, omologia, ortologia e paralogia. Allineamenti di sequenza locali e globali. Matrici di sostituzione per allineamenti di sequenze (PAM, BLOSUM). Ricerca per similarità in banche dati di sequenze (BLAST). Allineamenti multipli di sequenza. Dati di espressione. Microarray e RNA-Seq. Annotazione funzionale dei geni e gene ontology.

Biostatistica (3 CFU):
Dati (Introduzione). Statistica descrittiva. Tipi di variabili. Tabelle e rappresentazione grafica (scatterplots, istogrammi). Indici di posizione: media, mediana, moda, percentili. Varianza e deviazione standard.
Probabilità. e Probabilità condizionata. Distribuzioni di variabili aleatorie discrete e continue. Distribuzione normale. Distribuzione Ipergeometrica. Distribuzione binomiale. Distribuzione di Poisson.
Inferenza statistica (introduzione). Campioni e distribuzioni campionarie. Stima puntuale. Stima di un intervallo (intervalli di confidenza). Test di ipotesi. Inferenza sulla differenza tra medie di due campioni. Il test t di Student.

Bibliografia e altri materiali didattici: Slide e appunti che verranno messi a disposizione dal docente.

Modalità di esame, prerequisiti, esami propedeutici

Esame in un'unica volta o suddiviso in partiunico
Modalità di accertamento conoscenzeEsame
Giudiziovoto verbalizzato in trentesimi

Prerequisiti e modalità di esame Scritto + orale.

Attività propedeutiche consigliate Biologia molecolare, Genetica

Esami propedeutici consigliati: GeneticaBiologia molecolare

Organizzazione della didattica

Settori e relativi crediti

  • Settore:FIS/01 - Fisica sperimentale
  • Settore:FIS/02 - Fisica teorica, modelli e metodi matematici
  • Settore:FIS/03 - Fisica della materia
  • Settore:FIS/04 - Fisica nucleare e subnucleare
  • Settore:FIS/05 - Astronomia e astrofisica
  • Settore:FIS/06 - Fisica per il sistema terra e per il mezzo circumterrestre
  • Settore:FIS/07 - Fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina)
  • Settore:FIS/08 - Didattica e storia della fisica
  • Settore:INF/01 - Informatica
  • Settore:MAT/01 - Logica matematica
  • Settore:MAT/02 - Algebra
  • Settore:MAT/03 - Geometria
  • Settore:MAT/04 - Matematiche complementari
  • Settore:MAT/05 - Analisi matematica
  • Settore:MAT/06 - Probabilita e statistica matematica
  • Settore:MAT/07 - Fisica matematica
  • Settore:MAT/08 - Analisi numerica
  • Settore:MAT/09 - Ricerca operativa
  • Settore:SECS-S/01 - Statistica
  • Settore:SECS-S/02 - Statistica per la ricerca sperimentale e tecnologica

  • Crediti:9
Attività didattiche previste

Esercitazioni di laboratorio a posto singolo: 32 ore

Lezioni: 56 ore

Ricevimento Docenti

Orario di ricevimento Docenti
DocenteOrario di ricevimentoLuogo di ricevimento
GIULIO PAVESI , responsabile dell'insegnamentoMartedì o Venerdì, 15.00- 17.00Via Celoria 26 (Dip. BioScienze) - 2B (Torre B - secondo piano)